Incremento de las emisiones de óxidos de nitrógeno

Con el uso del biodiesel hay un incremento en las emisiones de NOx: un 13% en todo su ciclo de vida y un 9% durante la combustión. La Agencia de Protección Ambiental de los Estados Unidos en un estudio que compila datos de diversas investigaciones encontró que las emisiones vehiculares de NOx se incrementan en un 10% con el biodiésel respecto del diésel 2.
Estudios recientes en el NREL( Laboratorio Nacional de Energía Renovable) de los Estados Unidos mostraron que las emisiones de NOx varían considerablemente según la materia prima del biodiésel, pero en todos los casos ellas fueron mayores que con diésel. Se encontró que a mayor grado de insaturación de las materias primas para biodiésel (por ejemplo, colza canola y soya), se producían mayores emisiones de NOx. Mediante un análisis , se encontró que las emisiones de NOx podían ser correlacionadas con el número de cetano o con la densidad del biodiésel .
El principal problema de los NOx es que no sólo aumentan la contaminación atmosférica a nivel de la tropósfera (contribuyendo a la lluvia ácida y causando problemas de salud pública), sino que además el óxido nitroso (N2O) emitido en la etapa agrícola de la producción de biodiésel debido al uso de fertilizantes nitrogenados, destruye la capa de ozono y también es un gas de efecto invernadero con un efecto 310 veces mayor que el del CO2.